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미생물 두 종의 genome을 받아서 제가 가지고 있는 genome과 blast를 하고 이것을 가지고 ACT분석을 하고 싶은데
어떻게 해야 하는지를 모릅니다.
어떤 프로그램을 사용해야 하고 어떻게 진행을 해야 하는지 모릅니다.
두개의 genome으로 blast 할 수 있는 프로그램이 있느지 있다면 사용은 어떻게 하는지
그리고 그것을 가지고 내가 가진 genome과 유전자 비교를 할 수 있는지
궁금합니다.
워낙 지식이 미흡해서 문제점을 설명하기가 힘들지만
genome분석이 생 초보라서 무엇부터 어떻게 해야 하는지 몰라 질문을 올립니다.
- genome
- blast
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변
김정민님의 답변
2011-07-26- 2
blast search가 아니라 alignment를 해야할 듯 합니다.
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
위 사이트에서 가능하며,
upload할 파일을 (아래내용 참고) 먼저 만드세요.
.txt문서로 저장하고, 입력방법은 다음과 같습니다.
>1번 종 이름
sequences
>2번 종 이름
sequences
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미생물 두 종의 genome을 받아서 제가 가지고 있는 genome과 blast를 하고 이것을 가지고 ACT분석을 하고 싶은데
어떻게 해야 하는지를 모릅니다.
어떤 프로그램을 사용해야 하고 어떻게 진행을 해야 하는지 모릅니다.
두개의 genome으로 blast 할 수 있는 프로그램이 있느지 있다면 사용은 어떻게 하는지
그리고 그것을 가지고 내가 가진 genome과 유전자 비교를 할 수 있는지
궁금합니다.
워낙 지식이 미흡해서 문제점을 설명하기가 힘들지만
genome분석이 생 초보라서 무엇부터 어떻게 해야 하는지 몰라 질문을 올립니다.