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Lactobacillus casei 와 Lactobacillus paracasei를 구분할 수 있는 species specific primer가 있는지 알고 싶습니다.
실험실에서 보유하고 있는 Lactobacillus casei는 ATCC 393, ATCC 4646, KCTC 2180 입니다...
[Letters in Applied Microbiology 1999, 29, 90-92, Differentiation of Lactobacillus casei, Lactobacillus paracasei and Lactobacillus rhamnous by polymerase chain reaction]
이 논문에 나와있는 primer를 이용해보니.... L. casei 에 대한 specific primer는 ATCC 393만 detection 하고 ATCC 4646, KCTC2180은 detection 하지 못하더군요....
L. paracasei 에 대한 specific primer는 ATCC 4646을 detection 하구요
혹시 Lactobacillus casei만을 효과적으로 detection 할 수 있는 primer sequence를 아시는 분 계시는지요....
고수님들의 조언 기다립니다.
- lactobacillus
- casei
- primer
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변
김은배님의 답변
2011-11-14- 0
모든 답이 논문에만 나오는 건 아닙니다.
구분하려는 상황이 어떤지 일단 궁금하네요.
16s rRNA 유전자는 종간에 유사성이 매우 높아 가까운 관계의 미생물끼리는 pcr만으로는 쉽게 구분하기 어려운 경우도 많습니다.
굳이 16s rRNA에 대한 primer는 사용하지 않으셔도 좋아요.
두가지 모두에 대한 genome이 밝혀져 있을 것으로 생각되는데요.
둘 사이에 차이가 나는 다른 유전자 또는 intergenic region (gene과 gene 사이, promter 포함)들도 많이 있답니다.
그 서열을 확인하여 specific primer를 짜 보는 것도 좋겠네요.
김은배
http://www.kosen21.org/board/whatis/board_whatis_detailview.jsp?bid=0000000770599&id_major=0000000000770599&boardname=whatis#0000000770599-------------------------------------질문-------------------------------------
Lactobacillus casei 와 Lactobacillus paracasei를 구분할 수 있는 species specific primer가 있는지 알고 싶습니다.
실험실에서 보유하고 있는 Lactobacillus casei는 ATCC 393, ATCC 4646, KCTC 2180 입니다...
[Letters in Applied Microbiology 1999, 29, 90-92, Differentiation of Lactobacillus casei, Lactobacillus paracasei and Lactobacillus rhamnous by polymerase chain reaction]
이 논문에 나와있는 primer를 이용해보니.... L. casei 에 대한 specific primer는 ATCC 393만 detection 하고 ATCC 4646, KCTC2180은 detection 하지 못하더군요....
L. paracasei 에 대한 specific primer는 ATCC 4646을 detection 하구요
혹시 Lactobacillus casei만을 효과적으로 detection 할 수 있는 primer sequence를 아시는 분 계시는지요....
고수님들의 조언 기다립니다.
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답변
김상태님의 답변
2011-12-30- 0
-------------------------------------질문-------------------------------------
Lactobacillus casei 와 Lactobacillus paracasei를 구분할 수 있는 species specific primer가 있는지 알고 싶습니다.
실험실에서 보유하고 있는 Lactobacillus casei는 ATCC 393, ATCC 4646, KCTC 2180 입니다...
[Letters in Applied Microbiology 1999, 29, 90-92, Differentiation of Lactobacillus casei, Lactobacillus paracasei and Lactobacillus rhamnous by polymerase chain reaction]
이 논문에 나와있는 primer를 이용해보니.... L. casei 에 대한 specific primer는 ATCC 393만 detection 하고 ATCC 4646, KCTC2180은 detection 하지 못하더군요....
L. paracasei 에 대한 specific primer는 ATCC 4646을 detection 하구요
혹시 Lactobacillus casei만을 효과적으로 detection 할 수 있는 primer sequence를 아시는 분 계시는지요....
고수님들의 조언 기다립니다.
-GENE BANK의 유전자서열을 보면 가장 이상적인ㅁ 유일한 GENOME 을 확인후 실험자가 직접 디자인하여 PRIMER디자인하면 좋지 않을가요