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안녕하세요. 현재
박사 과정 중이며 DNA에 대해 연구하고 있는 학생입니다.
최근 프로젝트에서 DNA의
H1-NMR을 찍을 일이 생겼는데, 현재까지 유기 물질의
NMR을 찍어본 경험은 있지만
DNA은 처음 찍다보니 현재 잘 안 찍히고 있습니다.
현재 측정 가능한 기계로는 JEOL 400/600 Mhz, 그리고 Bruker 700 Mhz NMR이 있습니다.
찍고자 하는 target DNA single strand (21-mer)의
농도는 300 uM,
[phosphate buffer] = 100 mM, D2O:H2O = 1:9
의 조건에서 찍었습니다만 JEOL 400/600 Mhz 기계로는 현재
물 픽 이외에는 전혀 찍히지
않고 있습니다.
예상되는 원인으로는
1.
측정 프로그램에서 solvent 선택 옵션 중 D2O 밖에 없음. (프로그램 설정 오류)
: 의뢰를 통해 Bruker 700 Mhz를 찍었을 때는 (첫 시도였기 때문에 만족스러운
Resolution은 아니었으나) DNA로 생각되는 peak이 보였습니다. 당시, Bruker
700 Mhz의 측정 프로그램에는 solvent에 H2O:D2O=9:1 의 선택란이 있었으나
JEOL 400/600 Mhz에는 없어서 D2O 만 선택하고 측정하였습니다.
2.
DNA의 농도가 묽음.
: 같은 sequence를 찍은 타 그룹의 논문에서는 일반적으로 1 mM 전후의 농도를
사용했습니다. 다만 몇몇 그룹의 경우에는 100 ~ 200 uM의 농도로도 찍혔기
때문에
확실한
원인인지는 아직 모르겠습니다.
3.
Phosphate buffer 농도 문제
: 타 논문을 참고할 경우, phosphate buffer의 농도는 10 - 20 mM 정도를 사용하였
으나
저희의 경우, 우선 in vitro의 다른 실험에서의 조건이 100 mM이었기 때문에
100 mM의 농도로 찍어보았습니다.
이상의 세가지가 현재 문제로 생각되고, 2번과 3번의 경우엔 계속적인 실험을 해가며
개선시킬 수 있지만, 1번이 주 원인이거나 혹시 저희가 생각하지 못했던
원인이 있는 것인지
궁금합니다.
바쁘신 와중에 읽어주셔서 감사합니다. 답변 부탁드립니다!.
- DNA
- NMR
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변
이승규님의 답변
2012-02-02- 0
첨부파일
DNA를 측정해 본 적은 없지만 펩타이드를 H2O/D2O에서 1H NMR 찍어본 경험을 말씀드려 보자면
농도가 낮은 것 같습니다. water peak이 너무 커서 DNA peaks이 안 보일 수 있는데 baseline 부분을 상당히 확대하면 보일 수 있을 지도 모르겠습니다. 농도가 불가피하게 낮을 경우 shegemi tube를 이용합니다. 하지만 농도를 높이는 게 좋은 방법입니다.
water peak을 감소시켜 다른 peaks을 더 잘 관찰하기 위해서 water peak(4.7ppm?) saturation을 사용합니다.
2D가 가능하시면 감도가 좋은 HOHAHA(또는 TOCSY)를 찍어보시는 것도 좋겠습니다.
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안녕하세요. 현재 박사 과정 중이며 DNA에 대해 연구하고 있는 학생입니다.
최근 프로젝트에서 DNA의 H1-NMR을 찍을 일이 생겼는데, 현재까지 유기 물질의
NMR을 찍어본 경험은 있지만 DNA은 처음 찍다보니 현재 잘 안 찍히고 있습니다.
현재 측정 가능한 기계로는 JEOL 400/600 Mhz, 그리고 Bruker 700 Mhz NMR이 있습니다.
찍고자 하는 target DNA single strand (21-mer)의 농도는 300 uM,
[phosphate buffer] = 100 mM, D2O:H2O = 1:9
의 조건에서 찍었습니다만 JEOL 400/600 Mhz 기계로는 현재 물 픽 이외에는 전혀 찍히지
않고 있습니다.
예상되는 원인으로는
1. 측정 프로그램에서 solvent 선택 옵션 중 D2O 밖에 없음. (프로그램 설정 오류)
: 의뢰를 통해 Bruker 700 Mhz를 찍었을 때는 (첫 시도였기 때문에 만족스러운
Resolution은 아니었으나) DNA로 생각되는 peak이 보였습니다. 당시, Bruker
700 Mhz의 측정 프로그램에는 solvent에 H2O:D2O=9:1 의 선택란이 있었으나
JEOL 400/600 Mhz에는 없어서 D2O 만 선택하고 측정하였습니다.
2. DNA의 농도가 묽음.
: 같은 sequence를 찍은 타 그룹의 논문에서는 일반적으로 1 mM 전후의 농도를
사용했습니다. 다만 몇몇 그룹의 경우에는 100 ~ 200 uM의 농도로도 찍혔기 때문에
확실한 원인인지는 아직 모르겠습니다.
3. Phosphate buffer 농도 문제
: 타 논문을 참고할 경우, phosphate buffer의 농도는 10 - 20 mM 정도를 사용하였
으나 저희의 경우, 우선 in vitro의 다른 실험에서의 조건이 100 mM이었기 때문에
100 mM의 농도로 찍어보았습니다.
이상의 세가지가 현재 문제로 생각되고, 2번과 3번의 경우엔 계속적인 실험을 해가며
개선시킬 수 있지만, 1번이 주 원인이거나 혹시 저희가 생각하지 못했던 원인이 있는 것인지
궁금합니다.
바쁘신 와중에 읽어주셔서 감사합니다. 답변 부탁드립니다!.
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답변
이상후님의 답변
2012-02-02- 0
Water peak을 우선 suppression 시켜야 될 거 같습니다.
그런데 만약 suppression 시키지 않더라고 imino group들에 해당되는 chemical shifts가 크게는 14~10 ppm 사이에서 관찰이 되어야 하는데, 이 영역에서 관찰되지 않았다면 시료 농도가 극히 낮아서 그럴 수도 있겠습니다. 더구나 phosphate buffer가 100 mM이면 시료가 고염 농도라서 시료 분석시에 문제가 될 소지가 있습니다. 버퍼 농도를 낮추고 시료 농도를 올린 후에 water suppresion하고 측정해 보시면 원하는 peak이 보일 거 같습니다.
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안녕하세요. 현재 박사 과정 중이며 DNA에 대해 연구하고 있는 학생입니다.
최근 프로젝트에서 DNA의 H1-NMR을 찍을 일이 생겼는데, 현재까지 유기 물질의
NMR을 찍어본 경험은 있지만 DNA은 처음 찍다보니 현재 잘 안 찍히고 있습니다.
현재 측정 가능한 기계로는 JEOL 400/600 Mhz, 그리고 Bruker 700 Mhz NMR이 있습니다.
찍고자 하는 target DNA single strand (21-mer)의 농도는 300 uM,
[phosphate buffer] = 100 mM, D2O:H2O = 1:9
의 조건에서 찍었습니다만 JEOL 400/600 Mhz 기계로는 현재 물 픽 이외에는 전혀 찍히지
않고 있습니다.
예상되는 원인으로는
1. 측정 프로그램에서 solvent 선택 옵션 중 D2O 밖에 없음. (프로그램 설정 오류)
: 의뢰를 통해 Bruker 700 Mhz를 찍었을 때는 (첫 시도였기 때문에 만족스러운
Resolution은 아니었으나) DNA로 생각되는 peak이 보였습니다. 당시, Bruker
700 Mhz의 측정 프로그램에는 solvent에 H2O:D2O=9:1 의 선택란이 있었으나
JEOL 400/600 Mhz에는 없어서 D2O 만 선택하고 측정하였습니다.
2. DNA의 농도가 묽음.
: 같은 sequence를 찍은 타 그룹의 논문에서는 일반적으로 1 mM 전후의 농도를
사용했습니다. 다만 몇몇 그룹의 경우에는 100 ~ 200 uM의 농도로도 찍혔기 때문에
확실한 원인인지는 아직 모르겠습니다.
3. Phosphate buffer 농도 문제
: 타 논문을 참고할 경우, phosphate buffer의 농도는 10 - 20 mM 정도를 사용하였
으나 저희의 경우, 우선 in vitro의 다른 실험에서의 조건이 100 mM이었기 때문에
100 mM의 농도로 찍어보았습니다.
이상의 세가지가 현재 문제로 생각되고, 2번과 3번의 경우엔 계속적인 실험을 해가며
개선시킬 수 있지만, 1번이 주 원인이거나 혹시 저희가 생각하지 못했던 원인이 있는 것인지
궁금합니다.
바쁘신 와중에 읽어주셔서 감사합니다. 답변 부탁드립니다!.
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답변
조윤환님의 답변
2012-02-02- 0
반갑습니다. 다른 분들께서 좋은 말씀 많이 해주신 부분에 대해선 생략하겠습니다.
샘플의 농도나 pH 등의 실험조건에 대해선 논문을 참고해서 하신 것으로 보이네요.
버퍼 농도늘 제외하면일반적으로 통용되는 범위로 보입니다.
저도 NMR을 많이 사용하지만 DNA실험은 생소합니다. 이런 경우 시행착오를 거쳐도 알기 힘든 부분이 많더군요. 전문적으로 연구하시는 분의 도움을 한번이라도 받아보시길 권합니다.
충북 오창에 가시면 한국기초과학지원연구원 자기공명그룹이 있습니다. 이곳에 계신 분들은 국내 최고 전문가라고 할 수 있습니다. 저도 다른 일로 도움을 받을 경험이 있습니다.
단백질 3차원 구조분석 같이 생체 시료를 가지고 하는 연구도 많이 하십니다. 이곳에 시료를 의뢰해서 1번이라도 분석을 하신다면 향후 진행할 연구에 많은 도움이 될 겁니다.
보통 시료를 의뢰하기 전에 데이터와 시료에 대한 정보, 문헌 같은 것들을 가지고 상담을 먼저 진행합니다. 결과를 수령하실 때도 마찬가지고요. 이 과정에서 전문가분의 심도 깊은 도움을 받으실 수 있을 겁니다.
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안녕하세요. 현재 박사 과정 중이며 DNA에 대해 연구하고 있는 학생입니다.
최근 프로젝트에서 DNA의 H1-NMR을 찍을 일이 생겼는데, 현재까지 유기 물질의
NMR을 찍어본 경험은 있지만 DNA은 처음 찍다보니 현재 잘 안 찍히고 있습니다.
현재 측정 가능한 기계로는 JEOL 400/600 Mhz, 그리고 Bruker 700 Mhz NMR이 있습니다.
찍고자 하는 target DNA single strand (21-mer)의 농도는 300 uM,
[phosphate buffer] = 100 mM, D2O:H2O = 1:9
의 조건에서 찍었습니다만 JEOL 400/600 Mhz 기계로는 현재 물 픽 이외에는 전혀 찍히지
않고 있습니다.
예상되는 원인으로는
1. 측정 프로그램에서 solvent 선택 옵션 중 D2O 밖에 없음. (프로그램 설정 오류)
: 의뢰를 통해 Bruker 700 Mhz를 찍었을 때는 (첫 시도였기 때문에 만족스러운
Resolution은 아니었으나) DNA로 생각되는 peak이 보였습니다. 당시, Bruker
700 Mhz의 측정 프로그램에는 solvent에 H2O:D2O=9:1 의 선택란이 있었으나
JEOL 400/600 Mhz에는 없어서 D2O 만 선택하고 측정하였습니다.
2. DNA의 농도가 묽음.
: 같은 sequence를 찍은 타 그룹의 논문에서는 일반적으로 1 mM 전후의 농도를
사용했습니다. 다만 몇몇 그룹의 경우에는 100 ~ 200 uM의 농도로도 찍혔기 때문에
확실한 원인인지는 아직 모르겠습니다.
3. Phosphate buffer 농도 문제
: 타 논문을 참고할 경우, phosphate buffer의 농도는 10 - 20 mM 정도를 사용하였
으나 저희의 경우, 우선 in vitro의 다른 실험에서의 조건이 100 mM이었기 때문에
100 mM의 농도로 찍어보았습니다.
이상의 세가지가 현재 문제로 생각되고, 2번과 3번의 경우엔 계속적인 실험을 해가며
개선시킬 수 있지만, 1번이 주 원인이거나 혹시 저희가 생각하지 못했던 원인이 있는 것인지
궁금합니다.
바쁘신 와중에 읽어주셔서 감사합니다. 답변 부탁드립니다!.