2013-05-30
org.kosen.entty.User@2b4344b5
김은옥(sarang6181)
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한가지 질문 드립니다.
질문이 너무 포괄적일 수 있지만 검색방법을 알고자 합니다.
추출물을 LC-MS 분석하여 얻어진 결과에서, 어떤 peak의 예측 분자량을 알았는데
이 분자량만을 가지고 어떤 화합물인지를 확인하려고 합니다.
시료에 관련한 논문이나 단순 구글 검색에서 분자량을 입력하여 검색해서는 찾기가 어려운 점이 있습니다.
특정 분자량을 가지는 화합물들을 검색할 수 있는 사이트나 프로그램이 있으면
알려주시면 감사하겠습니다.
- LC-MS
- 분자량
- 화합물
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
조윤환님의 답변
2013-05-30- 0
반갑습니다. LC-MS 분석결과에서 특정 peak의 예측 분자량을 가지고 화합물을 검색하는 것은 매우 어려운 일입니다. 검색할 수는 있지만 hitting이 너무 많기 때문이죠. 특히 small molecule에 해당하는 900 Da 이하의 화합물의 경우 더욱 그렇죠. 보통은 LC-MS분석을 했다면 MS Library와 얻어진 ms spectrum을 비교 검색해서 구조를 추측하곤 합니다. 알려진 물질이고 MS Library에 수록된 물질이라면 쉽게 찾을 수 있고, 그렇지 않은 경우라면 유사한 구조들이 리포트 됩니다. 문제는 이러한 MS library가 유료라는 점이죠. 물론 무료로 공개되어 있는 것도 있지만 질과 양면에서 차이가 큽니다. NIST DBk이나 PubChem DB의 경우 분자량으로 검색이 가능한 공개 DB지만 분자량을 넣어 검색하면 엄청난 양의 hitting이 떨어집니다. 궁금해서 한번 해봤는데요, PubChem DB의 경우 397~400 Da 사이의 화합물을 검색하니까 hitting이 무려 '508932"개가 나옵니다. 몇날 며칠을 봐도 보기 힘들겁니다. 우선 분자량으로 검색하기 전에 mass spectrum의 fragmentation pattern을 잘 살펴서 하부 구조에 대한 실마리를 찾은 후에 분자량으로 필터링해서 hitting을 줄이는 방향을 생각해보셔야 하겠습니다. 도움이 되셧길