2015-02-03
org.kosen.entty.User@77e994ed
김세원(arbatross2)
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primer를 구축한 다음 이것에 대한 특이성 여부를 확인하기 위해 primer-blast를 한다고하는데...ncbi에서 primer blast를 사용법을 잘 몰라서 그런가 해 보면 primer를 짜주는 느낌이 드네요...template 시퀀스를 적어놓고 그냥 get primers를 눌러서 그런가요?자세한 방법 좀 알려주세요
- primer
- blast
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답변 3
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답변
오경진님의 답변
2015-02-04- 1
PCR template 부분도 채우시고, Primer parameters 부분도 채워서 get primers 하시면 특이성 여부를 확인 하실 수 있습니다. 그리고, 추가적으로 primer design 하는 invitrogen 의 perfect primer design 이라는 (http://tools.lifetechnologies.com/content.cfm?pageid=9716 ) 프로그램을 참고하시면 조금 더 다양한 primer를 design 하실 수 있으시고, primer가 template에 잘 붙을 수 있는 조건을 참고하시고 선택하셔서 실험하시면 좋을 듯합니다. -
답변
김상태님의 답변
2015-02-05- 1
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/에서 원하는 사이즈와 Tm값을 알아보고 디자인하시면 됩니다
그리고 바이오니아으 ㅣ프로그램에서도 가능합니다 -
답변
황규찬님의 답변
2015-07-29- 1
적합한 프라이머(primer) 디자인을 위한 팁
1) primer2 프로그램으로 적합한 primer를 디자인 함 http://biotools.umassmed.edu/bioapps/primer3_www.cgi
2) 디자인된 프라이머가 지놈상에 다른 위치에서도 존재하는지 확인하기 위해 blast 서치를 함
a) http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
b) nucleotide blast 선택
(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome)
c) primer 붙이기
d) 종(species) 선택
e) program selection에서 가장 밑에 있는 "Somewhat similar sequences (BLASTN) 선택
이와 같은 절차로 디지인된 primer가 specific한지 확인할 수 있음