2015-10-23
org.kosen.entty.User@621be55a
최윤수(gogamegood)
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mouse plasma에서 ELISA kit를 사용해서 얻은 TNF-a와 MCP-1의 유의 차이는 어느정도 차이가 날 때 부터 유의가 있다고 할 수 있을까요?
ANOVA 분석을 했을 적에 0주 4주 에서는 차이가 있었지만 8주부터는 없는 것 으로 나왔습니다.
실질적인 데이터 에서는 차이가 미묘한데도 유의성이 있다고 나오면 신뢰가 가능할까요?
먼저 TNF-alpha raw data 입니다.
MCP-1 입니다.
ANOVA 분석을 했을 적에 0주 4주 에서는 차이가 있었지만 8주부터는 없는 것 으로 나왔습니다.
실질적인 데이터 에서는 차이가 미묘한데도 유의성이 있다고 나오면 신뢰가 가능할까요?
먼저 TNF-alpha raw data 입니다.
Mouse plasma TNF-a concentration (pg/ml)
| 0주 | 4주 | 8주 | |
| A group | 8.68751 a | 8.68315 a | 8.68976 a |
| B group | 8.72007 b | 8.69439 ab | 8.69553 a |
| C group | 8.71684 b | 8.71343 b | 8.70203 a |
| D group | 8.68193 ac | 8.72312 b | 8.68901 a |
| E group | 8.68826 ac | 8.70001 a | 8.69717 a |
MCP-1 입니다.
Mouse plasma MCP-1 concentration (pg/ml)
| 0주 | 4주 | 8주 | |
| A group | 9.15800 a | 9.15873 a | 9.15851 a |
| B group | 9.15805 ac | 9.15915 ac | 9.15900 a |
| C group | 9.15843 ab | 9.15921 ac | 9.15868 a |
| D group | 9.15939 bc | 9.16058 b | 9.15903 a |
| E group | 9.15953 b | 9.16031 bc | 9.15897 a |
- Mouse plasma
- TNF-alpha
- MCP-1
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답변 7
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답변
이상후님의 답변
2015-10-28- 2
무조건 p value가 0.05보다 작은 경우가 통계적으로 유의하다고 볼 수는 없습니다. 왜냐하면, 샘플수와 대조군 확보에 dependent하기 때문입니다. 따라서 반드시 충분한 수의 대조군과 시험군을 확보한 후에, 통계적인 유의성을 조사하는 것이 바람직하면, 통계 프로그램에 따라서도 같은 값을 입력해도 다른 p value가 얻어지는 경우가 있습니다. 따라서, p value 외에도 ROC curve나 AUC 값을 함께 측정해 보는 것도 좋은 방안입니다. 참고하시기 바랍니다. -
답변
이배훈님의 답변
2015-10-23- 1
표준 95% 신뢰 수준을 사용하여 보통 통계적 유의성을 판단합니다.
오차가 발생할 확률이 5% 미만이면 P<0.05 이면 통계적으로 유의가 있다고 합니다.
Excell에서 ttest를 하면 P value을 알 수 있습니다. -
답변
최윤수님의 답변
2015-10-23- 1
T-test상에서는 유의가 있다고 나오지만
실제 얻은 값은 소수점 4~5째 자리 이후 값의 차이밖에 없습니다.
과연 이 값을 신뢰 할 수 있는지에 대해 의문이 듭니다.
혹시 mouse 실험에서 plasma TNF-a와 MCP-1을 ELISA kit로 구해보신 분의 조언이 필요 합니다.
이배훈(lbh217) 2015-10-23그렇군요. ELISA kit으로 다른 단백질을 nano gram 까지 유의차를 볼 수 있습니다.
샘플군이 많을 수록 유의차 여부를 좀더 명확히 할 수 있을 것 같습니다. -
답변
김동현님의 답변
2015-10-25- 1
저는 이쪽으로 전문가는 아니지만 혹시 statistical correction은 해보셨는지요? FDR를 계산하여 5% 이하의 값을 취해보시면 조금 다른 결과가 나오지 않을까요? 프리즘이라는 소프트웨어를 사용하면 구하실 수 있지 않을까 생각되는데요. -
답변
김동현님의 답변
2015-10-25- 1
저는 이쪽으로 전문가는 아니지만 혹시 statistical correction은 해보셨는지요? FDR를 계산하여 5% 이하의 값을 취해보시면 조금 다른 결과가 나오지 않을까요? 프리즘이라는 소프트웨어를 사용하면 구하실 수 있지 않을까 생각되는데요. -
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홍성욱님의 답변
2015-11-04- 1
질문의 요지를 잘 모르겠네요. P-Value를 묻는 것인지, 측정값이 얼마나 차이가 나야 의미가 있느냐를 묻는 것인지 잘 모르겠어요. 그리고, 실제 얻은 값이 소수점 4~5자리만 차이가 있다는 것은 무슨말인가요?
cytokine ELISA이면 보통 수십 pg/ml에서 1~2 ng/ml의 범위를 커버하는데, 소수점 4~5자리가 차이가 있따는 것은 무슨 말인지요?
차라리, 측정한 raw data를 올려주시는 것이 사람들이 답변드리는데 더 수월할 것 같네요. -
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홍성욱님의 답변
2015-11-05- 1
첨부파일
제가 봤을 때는 모든 그룹과 시간대에서 값이 거의 비슷하므로 유의성이 없다고 보는게 맞을 것 같습니다.
사용하신 ELISA kit이 보증하는 검출값의 범위가 얼마인지는 모르겠지만, 모든 그룹이 최소값 이하로 나왔던가, saturation된 것으로 생각되네요. (경험상 serum cytokine level의 경우 그룹간 variation이 좀 심한데, variation조차도 거의 없네요)
이 경우 통계 분석을 하는 것은 무의미하고 ELISA에 문제가 없었다면 그냥 전혀 차이가 없다고 말하는 것이 맞는 것 같습니다.
어떤 실험을 하셨는지 모르겠지만, blood에 존재하는 TNF-a의 값이 너무 낮은 것 같습니다. serum을 dilution하셨다면 dilution factor를 낮춰보시고, 또 ELISA과정에 문제가 있지 않았나 다시 한번 확인해보시는 것도 좋을 것 같습니다.