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이러저러한 사정에 의해
식물 세포를 배지에 담군 채로
95~100도로 30시간 가까이 끓여 봤습니다.
제가 원하는 실험 목표는 달성을 했는데
한 가지
그냥 스쳐가는 질문이 있어서 올려 봅니다.
RNA가 생각보다 안정해서
90도 까지는 열처리를 해도 구조가 안정하다는 문장을 어느 문헌에서 본 적이 있습니다.
제가
저 위의 조건으로 끓인 세포에서
total RNA extraction 후
내가 찾고자 하는 유전자의 발현 여부를 확인할 수 있을까요?
이런 실험은 해 본 적도 없고
해 보려고 시도도 해 본 적이 없는데
혹시나
해 보신 분들이 있는지
혹은
가능한 아이디어다 라고 생각하시는 분들이 있는지 궁금합니다.
만약
mRNA가 안정적으로 발현할 수 있다면
아직 상부에 보고하지는 않았지만
새로운 실험 계획을 세워서 도전해 볼까 합니다.
고수님들의 경험 공유 부탁드립니다.
- RNA stability
- thermostability
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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김헌성님의 답변
2023-11-15- 1
안녕하세요
한번 mRNA를 이용하여 RT- PCR 한 후 cDNA 를 합성하시고
원하시는 유전자 primer를 제작하여 PCR을 하신 후 유전자 발현 여부를 확인하는 것이
좋은 것 같습니다.
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장성재님의 답변
2023-11-15- 1
위에 분께서 말씀하신 방법대로 cDNA 합성 후 PCR 해보시되 열을 가하지 않은 샘플과 먼저 비교를 해보시는 것이 어떨까요?
target length 등에 따라서 차이가 있을 수도 있습니다.
그리고, mRNA가 그렇게 안정하지는 않을 듯 한데...
mRNA가 님께서 말씀하신 것 처럼 안정하다면 현재 유통되고 있는 RNA-based vaccine들을 굳이 냉장 유통 및 보관을 하지 않아도 될 것 같네요.ㅠㅠ
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한민준님의 답변
2023-11-17- 1
RNA가 생각보다 안정하지 않습니다.
간단하게 90도까지 열처리 한 샘플과 그렇지 않은 샘플을 가지고 RNA-seq을 해 보면
전체 얻어지는 RNA를 가지고 어느정도 안정성이 있는지 확인 가능할 거 같습니다.
또한 만약에 90도까지 열처리 후 total RNA extraction 을 해서 detection이 가능하다면
이 gene은 열에 상대적으로 안정한 구조를 가지고 있는 RNA로 보면 되지 않을까요?
이런 논문도 있네요..ㅋㅋ
https://academic.oup.com/nar/article/50/2/1092/6501243
장미옥(bestwife76) 2023-11-17RNA가 생각보다 안정하지 않은 걸로 저도 알고 있었는데 제 주변에 계신 어떤 분이 매우 안정한 구조를 가졌다며...
공유해 주신 논문 감사합니다.
전에 알던 지식과 연결이 되는 논문이었습니다.
그 때는 왜 그런지 몰랐는데
이 논문을 보니
아하~~ 라는 감탄이 나왔습니다.
감사합니다.한민준(mjbio) 2023-11-20생각보다 우리가 알고 있는 지식과 생명현상이 다르게 일어나는 경우가 많습니다. 오래저 central dogma를 배울때만 해도 "모든 transcript (mRNA)가 translation이 되어서 단백질을 만든다" 였는데 실제로 보면 transcript와 protein이 많이 다릅니다...
늘 기본으로 돌아가는 것이 정답인 것 같습니다
답변 감사합니다