2004-10-21
org.kosen.entty.User@6bab44e6
박진우(jinu1115)
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gramicidin을 공부하고 있는데, 그 구조가 β-helix라고 하더군요.
α-helix나 β-sheet는 교과서에서 봐서 익숙한데,
β-helix는 처음 들어보는 말이어서 혼란스럽습니다.
대충 이해한 바로는 β-sheet가 helix처럼 꼬아진 형태를 β-helix라고 하지 않나 싶네요...
정확한 정의를 아시는 분께 도움을 청합니다.
- β-helix
- gramicidin
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 4
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답변
전주홍님의 답변
2004-10-21- 0
Antibiotic gramicidin A (from Bacillus brevis)은 channel forming ionophore로서 초당 천만개 정도의 potassium ion을 통과시킬 수 있고 calcium에 의해 억제되는 것으로 알려져 있습니다. NMR과 X-ray crystallography 실험결과에 따르면 N-terminal head-to-head 방식으로 dimer가 형성되어 lipid bilayer를 통과하는 channel을 만드는 것으로 알려져 있습니다. Dan Urry에 의해 처음으로 gramicidin A가 β-sheet를 감아놓은 것 같은 형태를 지녔기 때문에 β-helix 구조를 가진다고 제시되었고 Timothy Cross에 의해 NMR로 이러한 모델을 어느 정도 증명해 주었습니다. 또한, α-helix는 pore를 가지고 있지 않고그 자체로는 channel을 만들 수 없는 것으로 알려져 있습니다. 말씀하신대로 β-sheet가 helix처럼 꼬아진 형태를 β-helix라고 보시면 될 것 같구요, 또한, gramcidin은 D-form과 L-form이 번갈아 가면서 (D-L-D-L) alternating chirality을 가지고 있습니다. 일반적으로는 단백질은 same chirality로만 구성되지만요... 이렇게 되어야만 15개의 아미노산으로 구성된 gramicidin이 dimer를 이루면서 이중막을 통과하는 channel을 만들 수 있게죠... 일반단백질들은 barrel 구조를 통한 beta-bonded strucuture로 channel을 만들기 때문에 굉장히 많은 아미노산이 필요하죠... 도움이 되셨는지 모르겠네요... 하시는 일 잘되시길 바랍니다. ^^ >gramicidin을 공부하고 있는데, 그 구조가 β-helix라고 하더군요. > >α-helix나 β-sheet는 교과서에서 봐서 익숙한데, > >β-helix는 처음 들어보는 말이어서 혼란스럽습니다. > >대충 이해한 바로는 β-sheet가 helix처럼 꼬아진 형태를 β-helix라고 하지 않나 싶네요... > >정확한 정의를 아시는 분께 움을 청합니다. -
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전주홍님의 답변
2004-10-21- 0
Gramicidin의 구조에 대해 이해를 도울 수 있는 JPG 파일 3개를 첨부하였습니다. Gra-1.jpg는 15개의 amino acid residue를 표시하였고, D-form과 L-form의 아미노산이 번갈아 가면서 나오는 alternating chirality를 나타낸 그림입니다. Gra-2.jpg는 lipid bilayer를 통과하는 그림으로 두 개의 gramicidin의 N-terminal 부분을 중심으로 서로 마주보고 있는 상태 즉, head-to-head 로 dimer를 이루는 것을 나타낸 그림입니다 (C-terminal 끼리 만나면 tail-to-tail, N-terminal과 C-terminal이 만나면 head-to-tail이 되겠죠...) Gra-3.jpg는 3차원 구조를 schematic하게 나타낸 그림입니다. beta-sheet 구조가 right-handed helix를 형성하고 있는 beta-helix 구조를 모식적으로 나타내었습니다. 이해에 도움이 되었으면 좋겠네요... -
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강형석님의 답변
2004-10-21- 0
>gramicidin을 공부하고 있는데, 그 구조가 β-helix라고 하더군요. > >α-helix나 β-sheet는 교과서에서 봐서 익숙한데, > >β-helix는 처음 들어보는 말이어서 혼란스럽습니다. > >대충 이해한 바로는 β-sheet가 helix처럼 꼬아진 형태를 β-helix라고 하지 않나 싶네요... > >정확한 정의를 아시는 분께 도움을 청합니다. 밑에 답변 다신 분(jhjeon2) 말씀이 맞군요. 제가 정의를 잘못 알고 있었는데... gramicidin은 D와 L form 아미노산이 서로 교차하면서 존재하는 이유때문에 beta-sheet 같은 구조를 띠는 거고, 그게 감겨지면서 helix를 형성하기 때문에 beta-helix라 명명된 것이군요... 그리고 그게 dimer가 되면서 channel이 되는 것이구요... > 구체적으로, gramicidin에서 β-helix는 channel(helical dimer)을 형성함에 있어서 2개 각각의 helix의 말단에 존재하는 N-terminal사이에 결합력(intermolecular)이 존재해서 마치 하나의 분자같이 생긴 helix를 형성합니다. 이때의 helix를 β-helix라고 부릅니다. -
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신정규님의 답변
2004-10-21- 0
β-helix와 관련된 review논문 1편과 구조와 관련된 논문 첨부해 드립니다. 그리고 아래 논문을 찾아보시기 바랍니다. 제 목 Structure and Evolution of Parallel β-helix Proteins 저 자 John Jenkins, Richard Pickersgill, Olga Mayans 발행정보 Journal of Structural Biology, 122권, 1호, 시작 236쪽, 전체 1쪽 발행년도 1998년 제 목 The Stability, Structural Organization, and Denaturation of Pectate Lyase C, a Parallel.... 저 자 Kamen, Douglas E., Griko, Yuri 발행기관 American Chemical Society 발행정보 Biochemistry, 39권, 51호, 15932쪽 발행년도 2000년 키워드 Pectate lyase C, β-helix structure >gramicidin을 공부하고 있는데, 그 구조가 β-helix라고 하더군요. > >α-helix나 β-sheet는 교과서에서 봐서 익숙한데, > >β-helix는 처음 들어보는 말이어서 혼란스럽습니다. > >대충 이해한 바로는 β-sheet가 helix처럼 꼬아진 형태를 β-helix라고 하지 않나 싶네요... > >정확한 정의를 아시는 분께 도움을 청합니다.