2009-08-18
org.kosen.entty.User@3557b46d
문창훈(windkail)
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MS 결과를 받았는데 data와 계산이 좀 달라서 질문드립니다.
Expasy에서 MW를 계산한 값과 MS 결과가 130 Da 정도 차이가 납니다. 계산값보다
130정도 작은 경우인데(단백질입니다. 전체 크기는 7Kd정도입니다.)
이런경우 어떻게 해석해야할지 궁금합니다.
물질은 매우 purity가 높은 상태이며 sequence는 MSKGI------VVAV입니다.
M 하나를 뺀다면 분자량이 맞게 되는데 이렇게 MS에서 M이 빠질수 있는지가 궁금합니다.
이런 사례들을 찾아보고는 있는데 잘 나오지가 않아서 글올립니다. 답변부탁드립니다.
- MS
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답변 2
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답변
이상후님의 답변
2009-08-18- 0
>MS 결과를 받았는데 data와 계산이 좀 달라서 질문드립니다. > >Expasy에서 MW를 계산한 값과 MS 결과가 130 Da 정도 차이가 납니다. 계산값보다 > >130정도 작은 경우인데(단백질입니다. 전체 크기는 7Kd정도입니다.) > >이런경우 어떻게 해석해야할지 궁금합니다. > >물질은 매우 purity가 높은 상태이며 sequence는 MSKGI------VVAV입니다. > >M 하나를 뺀다면 분자량이 맞게 되는데 이렇게 MS에서 M이 빠질수 있는지가 궁금합니다. > >이런 사례들을 찾아보고는 있는데 잘 나오지가 않아서 글올립니다. 답변부탁드립니다. mass의 종류가 어떤 것인지 모르겠으나 단백질로 보아 maldi-tof mass로 분석한 것으로 생각됩니다. 실제 데이타를 확인해봐야겠지만 130의 mass 증가는 단순한 salt adduct는 아닌거 같군요. 가끔 noncovalent interaction이 maldi-tof spectrum에서 관찰되긴 하는데 혹시 ligand나 특정 저분자 물질의 complex의 가능성도 염두를 해 보시기 바랍니다. 혹시 tof/tof로 분석하셨다면 in-source fragmentation(mass내의 특정 에너지에 의한 분석과정상에 분해 패턴)이 관찰되긴 합니다만 이 경우 저분자쪽이나 중분자 쪽에서 peak가 관찰되어지는지도 확인해보세요. 현재상태로는 정확한 판단은 어렵습니다. -
답변
이종석님의 답변
2009-08-19- 0
MS에서 측정되는 분자량은 우리가 일반적으로 사용하는 molecular weight가 아니고 monoisotope mass입니다. 그래서 약간의 차이가 발생 할 수 있고요. 그렇다고 하더라도 분자량이 7000 Da이면, 그 차이가 10 Da을 넘지 않습니다. 이 경우 Maldi-tof이외 다른 MS장비를 사용해보시기를 추천합니다. ESI-TOF를 사용해보시는게 어떨지요...
우선 답변 감사드립니다. 그런데... 이경우 원래의 크기보다 130정도 작게 나온경우라서요... comple를 의심하기는 힘들것 같습니다. 크기가 줄어진 상태라서... mass 실험은 sinapinin acid matrix와 peptide 용 두가지 모두 동일한 결과를 얻었습니다